Il carattere massonico dell'Opus Dei è reso evidente dal fatto che i suoi adepti ricoprono importanti cariche in ambito imprenditoriale e politico. A ciò va aggiunto il fatto che la struttura organizzativa dell'organizzazione rimane oscura, che gli statuti non sono mai stati presentati ad alcun vescovo e che il sorgere di un vero e proprio popolo della Prelatura, come si è poi verificato, non era previsto in alcun modo dal Concilio Vaticano.
In Spagna, in particolare, il carattere massonico del movimento è chiaro fin dai tempi della dittatura di Franco, laddove membri dell'Opus Dei hanno allacciato rapporti stretti di potere col regime.