Le pratiche dell'Opus Dei richiamano il fondamentalismo religioso e pratiche manipolatorie soprattutto nei confronti dei più giovani, in età delicatissima per lo sviluppo e privi degli strumenti per difendersi dalle sottili strategie psicologiche messe in atto. Avvicinarsi all'Opus Dei comporta per l'individuo il serio pericolo di una destrutturazione, ovvero di una privazione dei punti di riferimento ereditati dalla propria famiglia o ambiente sociale. Più in generale, ricorrendo all'accusa di “disobbedienza spirituale”, i direttori dell'Opera tendono a scoraggiare i fedeli (sia giovani che adulti) dal porsi in modo dialettico nei confronti dell'autorità, attuando in tal modo una vera e propria manipolazione volta ad annullare ogni traccia di spirito critico nelle persone.
Tra gli ex membri diverse sono state le situazioni di disagio fisico e psicologico e i casi di ex-membri che sono dovuti ricorrere a cure psichiatriche o psicoterapeutiche per seguire una terapia di de-programmazione per riappropriarsi dell’identità perduta e uscire da forme usuranti di alienazione.