Le indicazioni circa il trattamento di alunni disabili durante la somministrazione delle prove INVALSI sono discriminatorie. La possibilità di evitare che questi alunni partecipino alle prove con il resto della classe, che i loro compiti siano valutati a parte, favorisce l'esclusione e risponde a una logica omologante in cui le differenze vengono allontanate anziché incluse. Questo contraddice il lavoro dei docenti che, invece, durante l'anno scolastico si adoperano per una reale inclusione degli alunni con disabilità.
Inoltre, la prova di italiano rischia di discriminare gli studenti stranieri.