Il sistema Nutri-Score rischia di indirizzare in maniera errata le scelte alimentari del consumatore, orientandolo verso prodotti più processati e paradossalmente meno salubri rispetto ad altri. Inoltre, non fornisce informazioni sufficienti per una corretta educazione alimentare, poiché il punteggio nutrizionale non viene calcolato sulla porzione ma su 100g di prodotto. Non viene altresì tenuta in debita considerazione la presenza di conservanti e altri additivi alimentari.