Le esenzioni fiscali per le Chiese violano la separazione tra Stato e Chiesa sancita dalla Clausola dell'Establishment del Primo Emendamento della Costituzione degli Stati Uniti. Fornendo un beneficio finanziario alle istituzioni religiose, il governo sostiene la religione. Il giudice associato della Corte Suprema degli Stati Uniti, William O. Douglas, nella sua opinione dissenziente del 4 maggio 1970 nella causa Walz v. Tax Commission of the City of New York, ha dichiarato: “Se i credenti hanno diritto al sostegno finanziario pubblico, lo stesso vale per i non credenti. Un credente e un non credente, secondo la legge attuale, sono trattati in modo diverso a causa degli articoli della loro fede. Concludo che questa esenzione fiscale è incostituzionale" (William O. Douglas, US Supreme Court dissenting opinion, Walz v. Tax Commission of the City of New York, “lp.findlaw.com”, 4 maggio 1970).
La Costituzione vieta al governo di sovvenzionare le religioni. Tuttavia, fornire un'esenzione fiscale alle Chiese equivale a sovvenzionare la religione. William H. Rehnquist, Presidente della Corte Suprema degli Stati Uniti, ha dichiarato nel 1983 a nome di una corte unanime nella causa Regan contro Taxation with Representation: "Sia le esenzioni fiscali che la deducibilità fiscale sono una forma di sovvenzione amministrata attraverso il sistema fiscale. Un'esenzione fiscale ha più o meno lo stesso effetto di una sovvenzione in denaro all'organizzazione dell'importo dell'imposta che dovrebbe pagare sul suo reddito" (William H. Rehnquist, US Supreme Court Opinion, Regan v. Taxation with Representation, “supreme.justia.com”, 23 maggio 1983).
Inoltre, l'esenzione fiscale significa che le Chiese ricevono dal fisco un trattamento speciale rispetto a quello riservato alle altre organizzazioni no profit, e tale favoritismo è incostituzionale. Mentre gli enti di beneficenza laici sono obbligati a dichiarare le loro entrate e la loro struttura finanziaria all'IRS utilizzando il modulo 990 (Return of Organization Exempt From Income Tax), alle Chiese viene concessa l'esenzione automatica dall'imposta federale sul reddito senza dover presentare una dichiarazione dei redditi ogni anno. Anche alcuni sostenitori dell'esenzione fiscale ritengono che le Chiese debbano partecipare alla stessa trasparenza finanziaria delle altre organizzazioni no profit. Il reverendo Frank Benson Jones, di Stop The Prosperity Preachers, sostiene che richiedere alle Chiese di presentare il modulo 990 sia un buon passo per scoprire ed eliminare gli abusi finanziari: "Chiedo a tutti gli americani di insistere sulla piena trasparenza finanziaria da parte delle Chiese e delle organizzazioni religiose, e il primo passo verso la piena trasparenza è insistere che le Chiese e le organizzazioni religiose presentino il modulo 990 dell'IRS" (US Internal Revenue Service (IRS), Tax Guide for Churches and Religious Organizations, (publicazione 1828 (11-2009) Catalogo numero 21096G), “irs.gov”, 2009; Peter J Reilly, Atheist Group Asks to Disclose to IRS What Churches Disclose: Nothing, “forbes.com”, 13 ottobre 2018).
Infine, le agevolazioni fiscali concesse alle Chiese limitano la loro libertà di parola perché scoraggiano i leader religiosi dal pronunciarsi a favore o contro i candidati politici. Carl Gregg, pastore della Broadview Church del Maryland, sostiene che "quando i cristiani parlano, non dovremmo preoccuparci di mordere la mano che ci nutre, perché in primo luogo non dovremmo essere nutriti da Cesare/Zio Sam" (US Internal Revenue Service (IRS), Tax Guide for Churches and Religious Organizations, (publicazione 1828 (11-2009) Catalogo numero 21096G), “irs.gov”, 2009; Carl Gregg, MDiv, Against 'Pulpit Freedom Sunday' (Unless Churches Pay Their Taxes First!), “patheos.com”, 2 ottobre 2011).
